Lindi në Shkup, të Shqipërisë te pushtuar prej Perandorisë Osmane, sot Republika e Maqedonisë, më 26 gusht 1910. Tri ditë pas lindjes u pagëzua në kishën e Zemrës së Krishtit nga famulltari i atëhershëm dom Zef Ramaj, ditë të cilën ajo e llogariste si datëlindjen e s. Gonxhja ishte fëmija i tretë i Kolë Bojaxhiut nga Prizreni dhe Drane Bojaxhiut (mbiemri i vajzërisë Bernaj) nga Novo Sella e Gjakovës. Kola dhe Drania patën 5 fëmijë, dy nga të cilët u vdiqën në fëmijërinë e hershme. Frikë të madhe kishte nënë Drania se mos Gonxhja i vdiste menjëherë pas lindjes, sepse me trup dhe shëndet dukej e dobët. Gonxhja kishte një vëlla dhe një motër.